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Technical articles賽默飛(Thermo Fisher)實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀是現(xiàn)代分子生物學(xué)中常用的分析工具之一,其廣泛應(yīng)用于基因表達(dá)分析、病原檢測(cè)、突變檢測(cè)等研究領(lǐng)域。特別是其7500型實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀(Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR System),以其精確的溫控系統(tǒng)、靈敏的熒光信號(hào)檢測(cè)能力、以及用戶友好的操作界面,成為許多實(shí)驗(yàn)室的設(shè)備。以下是關(guān)于7500型實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀的詳細(xì)使用步驟和原理說(shuō)明。
實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)是一種高靈敏度的基因擴(kuò)增技術(shù),通過(guò)熒光信號(hào)監(jiān)測(cè)PCR反應(yīng)過(guò)程中的DNA擴(kuò)增。其基本原理是在PCR反應(yīng)中加入帶有熒光標(biāo)簽的探針或染料,通過(guò)實(shí)時(shí)檢測(cè)熒光信號(hào)的變化,推測(cè)出目標(biāo)DNA的初始數(shù)量。與傳統(tǒng)PCR不同,實(shí)時(shí)PCR能夠在PCR擴(kuò)增過(guò)程中實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)產(chǎn)物的數(shù)量,因此可以獲得更為精準(zhǔn)的定量數(shù)據(jù)。
賽默飛7500型PCR儀采用先進(jìn)的光學(xué)檢測(cè)系統(tǒng)和精密的溫控系統(tǒng),能夠提供高度精確的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。其主要特點(diǎn)包括:
多通道熒光檢測(cè):7500型儀器具有多達(dá)6個(gè)熒光通道,支持不同熒光探針或染料的同時(shí)檢測(cè),適用于多重PCR反應(yīng)。
高效的熱循環(huán)系統(tǒng):儀器采用精密的熱循環(huán)技術(shù),溫控精度和均勻性較高,能夠確保擴(kuò)增反應(yīng)的高效進(jìn)行。
用戶友好的操作界面:7500型PCR儀配備大尺寸觸摸屏,操作界面直觀,支持?jǐn)?shù)據(jù)實(shí)時(shí)顯示、分析與報(bào)告生成。
在使用7500型實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀之前,首先需要完成設(shè)備的安裝和調(diào)試工作。這些步驟包括:
位置選擇:選擇一個(gè)穩(wěn)定、無(wú)強(qiáng)電磁干擾和溫度波動(dòng)的地方來(lái)放置PCR儀器。避免直射陽(yáng)光和震動(dòng),確保設(shè)備的穩(wěn)定性。
設(shè)備連接:連接電源線、計(jì)算機(jī)(如果需要)和網(wǎng)絡(luò)(如有需要)。確保所有連接無(wú)松動(dòng)。
打開(kāi)設(shè)備電源,設(shè)備會(huì)自動(dòng)進(jìn)行自檢。此過(guò)程是為了確保硬件系統(tǒng)的正常運(yùn)作,檢查如熱循環(huán)系統(tǒng)、熒光檢測(cè)系統(tǒng)等關(guān)鍵部件。
檢查液晶屏是否正常顯示,儀器是否能夠順利進(jìn)入操作界面。
DNA模板:提取所需的DNA模板,通常需要在PCR前進(jìn)行核酸純化,確保模板的純度和濃度適合實(shí)驗(yàn)要求。
引物和探針:根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康脑O(shè)計(jì)特異性的引物和探針。設(shè)計(jì)時(shí)需注意引物的長(zhǎng)度、GC含量、退火溫度等因素,以確保引物的特異性和擴(kuò)增效率。
PCR反應(yīng)混合物:PCR反應(yīng)體系一般包括模板DNA、引物、探針、熒光染料(如SYBR Green或TaqMan探針)、PCR緩沖液、dNTPs、DNA聚合酶等。需要根據(jù)具體的實(shí)驗(yàn)要求調(diào)整反應(yīng)體系的組成。
按照試劑盒說(shuō)明書(shū)或?qū)嶒?yàn)設(shè)計(jì)配制PCR反應(yīng)液,保證每個(gè)反應(yīng)孔中加入合適量的反應(yīng)液和模板。
一般來(lái)說(shuō),反應(yīng)液的總量可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)設(shè)置,通常每個(gè)反應(yīng)孔的體積為20-50 μL。
將配制好的反應(yīng)混合物和模板按實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)分配到PCR板的各個(gè)孔中。確保每個(gè)孔的液體量一致,并且避免產(chǎn)生氣泡。
樣品加載完成后,使用PCR板封膜,確保密封良好。
在7500型PCR儀的觸摸屏上,選擇“新建實(shí)驗(yàn)"選項(xiàng)。根據(jù)實(shí)驗(yàn)的要求設(shè)置反應(yīng)條件,如擴(kuò)增循環(huán)數(shù)、退火溫度、熒光通道等。
選擇合適的PCR反應(yīng)體系類型,例如SYBR Green染料體系或TaqMan探針體系。
熱啟動(dòng):大多數(shù)PCR反應(yīng)體系需要在初始階段進(jìn)行熱啟動(dòng),以激活DNA聚合酶,避免非特異性擴(kuò)增。
擴(kuò)增程序:設(shè)置適合的擴(kuò)增程序,通常包括變性、退火、延伸三個(gè)步驟。對(duì)于SYBR Green染料體系,通常需要一個(gè)較長(zhǎng)的退火/延伸時(shí)間來(lái)確保信號(hào)的準(zhǔn)確檢測(cè)。
數(shù)據(jù)采集:在每個(gè)擴(kuò)增循環(huán)結(jié)束時(shí),選擇熒光信號(hào)采集時(shí)間點(diǎn)。一般來(lái)說(shuō),實(shí)時(shí)PCR儀會(huì)在延伸步驟后進(jìn)行熒光數(shù)據(jù)的采集。
在確認(rèn)所有參數(shù)設(shè)置無(wú)誤后,點(diǎn)擊“開(kāi)始"啟動(dòng)PCR實(shí)驗(yàn)。儀器將根據(jù)設(shè)置的程序自動(dòng)進(jìn)行反應(yīng)。
在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中,7500型PCR儀會(huì)實(shí)時(shí)顯示擴(kuò)增曲線和熒光數(shù)據(jù)。用戶可以隨時(shí)查看實(shí)驗(yàn)進(jìn)度和熒光信號(hào)變化。
在PCR反應(yīng)過(guò)程中,隨著擴(kuò)增產(chǎn)物的增加,熒光信號(hào)逐漸增強(qiáng)。通過(guò)熒光信號(hào)的閾值設(shè)置,可以確定擴(kuò)增的起始點(diǎn)(Ct值)。
Ct值分析:通過(guò)分析不同樣品的Ct值,可以確定目標(biāo)基因的表達(dá)量或DNA的初始拷貝數(shù)。Ct值越小,表示樣品中目標(biāo)基因的初始濃度越高。
標(biāo)準(zhǔn)曲線:為了定量測(cè)定目標(biāo)基因的相對(duì)或絕對(duì)表達(dá)量,可以使用已知濃度的標(biāo)準(zhǔn)品來(lái)建立標(biāo)準(zhǔn)曲線,并通過(guò)該曲線來(lái)計(jì)算樣品中目標(biāo)基因的濃度。
相對(duì)定量分析:在基因表達(dá)分析中,通常采用2-ΔΔCt法進(jìn)行相對(duì)定量分析。通過(guò)比較實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組的Ct值,可以得出目標(biāo)基因在不同樣本中的相對(duì)表達(dá)水平。
實(shí)驗(yàn)完成后,用戶可以通過(guò)設(shè)備的分析軟件導(dǎo)出實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)并生成報(bào)告。報(bào)告中包含擴(kuò)增曲線、Ct值、標(biāo)準(zhǔn)曲線等相關(guān)數(shù)據(jù)。
模板質(zhì)量:模板的質(zhì)量直接影響PCR的結(jié)果,應(yīng)確保模板無(wú)污染且濃度適中。
引物設(shè)計(jì):引物設(shè)計(jì)不合理可能導(dǎo)致擴(kuò)增失敗或非特異性擴(kuò)增,因此設(shè)計(jì)時(shí)要保證引物的特異性和二聚體形成的最小化。
反應(yīng)體系:PCR反應(yīng)體系需要根據(jù)試劑和樣品的具體情況進(jìn)行優(yōu)化,以提高擴(kuò)增效率和信號(hào)的靈敏度。
無(wú)擴(kuò)增或擴(kuò)增信號(hào)弱:可能是模板量不足、引物設(shè)計(jì)不合理、PCR條件設(shè)置不當(dāng)?shù)葐?wèn)題導(dǎo)致。應(yīng)檢查模板質(zhì)量、引物特異性及PCR程序設(shè)置。
非特異性擴(kuò)增:可以通過(guò)優(yōu)化引物退火溫度或使用特異性更強(qiáng)的探針來(lái)避免非特異性擴(kuò)增。
熒光信號(hào)偏低:可能是染料添加量不足、熱循環(huán)條件不合適等原因?qū)е?。檢查熒光染料的濃度和PCR反應(yīng)條件。
賽默飛7500型實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀以其高精度的溫控系統(tǒng)和靈敏的熒光檢測(cè)能力,廣泛應(yīng)用于基因表達(dá)分析、病原檢測(cè)、基因變異分析等研究領(lǐng)域。通過(guò)優(yōu)化實(shí)驗(yàn)條件和合理設(shè)計(jì)反應(yīng)體系,研究人員可以獲得高質(zhì)量的定量PCR數(shù)據(jù)。